Launch of TreeThreader: a new application for protein structure prediction
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wenjing wu
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Message 716 - Posted: 7 Nov 2012, 2:46:11 UTC
Last modified: 8 Nov 2012, 1:53:20 UTC

各位志愿者:
我们很高兴地宣布,由中科院计算所开发的新一代的蛋白质结构预测软件TreeThreader正式在CAS@home上发布和运行了。相比第一代软件wsthreader(2010.6-2012.5在CAS@home上运行), TreeThreader在计算性能上提高了近两倍。

计算所的科学家们还提供了一个web service ,使得世界范围内的生物学家能够提交自己的蛋白质序列进行预测,而CAS@home正是提供这一后台计算能力的平台。这是一个在CAS@home平台上预测成功的蛋白质结构的例子

目前,计算所的科学家们具有8000多条蛋白质序列需要预测,总共需要320,000小时的CPU 时间(单台计算机需要36.5年才能计算完)。希望各位志愿者能踊跃参与这项计算任务。

We are glad to announce that the new application TreeThreader is officially launched on CAS@home.
TreeThreader is the second generation software developed by scientists from ICT(Institute of Computer Technology, Chinese Academy of Sciences) for Protein Structure Prediction and it outperforms the first generation software SCThreader by 2 times.

ICT scientists also provide a web service to world wild biologist to submit their protein sequences for structure prediction, and the backend computing power is from CAS@home. This is an example of the result.

At present, ICI scientists have about 8000 protein sequences to predict, and this will take about 320,000 CPU hours which is about 36.5 years on a single CPU PC.
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muclemanxb
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Message 717 - Posted: 7 Nov 2012, 18:09:01 UTC - in response to Message 716.

终于有消息了~参加这个任务需要什么特殊条件不?没看到说明啊。另外任务大概情况也说明一下吧,需要的内存、硬盘、运行时间等等。

wenjing wu
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Message 721 - Posted: 8 Nov 2012, 1:52:49 UTC - in response to Message 717.

不需要什么特殊条件,1G左右的硬盘空间就可以,对内存也没有要求。谢谢!

终于有消息了~参加这个任务需要什么特殊条件不?没看到说明啊。另外任务大概情况也说明一下吧,需要的内存、硬盘、运行时间等等。


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jk
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Message 730 - Posted: 8 Nov 2012, 2:41:04 UTC - in response to Message 721.

为什么我更新不了任务?是不是蛋白质预测完了?

Profile 小子威威
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Message 735 - Posted: 8 Nov 2012, 12:03:16 UTC

又哑巴了,这个地方从来不会及时回复志愿者的问题,看不起人啊!!!

Profile 小子威威
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Message 736 - Posted: 8 Nov 2012, 12:06:22 UTC

至少一个月了,都下不到任务。。。

GZJasper
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Message 737 - Posted: 8 Nov 2012, 12:53:53 UTC
Last modified: 8 Nov 2012, 13:00:31 UTC

我只能很遗憾地说TT在我WIN7 x64 系统上报错,运行不了

wenjing wu
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Message 738 - Posted: 8 Nov 2012, 14:57:47 UTC - in response to Message 736.

确实对一些新机器,有这个问题。我们正在调整,请关注这两天是否下载到任务。
目前可用的计算任务很多。但是有一个系统的策略问题影响了某些机器下载任务。
谢谢!

至少一个月了,都下不到任务。。。


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Profile 小子威威
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Message 739 - Posted: 8 Nov 2012, 15:13:48 UTC - in response to Message 738.

确实对一些新机器,有这个问题。我们正在调整,请关注这两天是否下载到任务。
目前可用的计算任务很多。但是有一个系统的策略问题影响了某些机器下载任务。
谢谢!
至少一个月了,都下不到任务。。。



【目前可用的计算任务很多】,萝卜白菜各有所爱,虽说是做志愿,可以有选择的吧。盼望早解决问题。谢谢!所谓的新机器是指什么?

wenjing wu
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Message 741 - Posted: 9 Nov 2012, 5:27:18 UTC - in response to Message 739.

确实对一些新机器,有这个问题。我们正在调整,请关注这两天是否下载到任务。
目前可用的计算任务很多。但是有一个系统的策略问题影响了某些机器下载任务。
谢谢!
至少一个月了,都下不到任务。。。



【目前可用的计算任务很多】,萝卜白菜各有所爱,虽说是做志愿,可以有选择的吧。盼望早解决问题。谢谢!所谓的新机器是指什么?


新加入项目的机器。这个问题似乎已经解决。正在观测中。还有一个限制是,ICT需要对作业的输入进行一些前期处理,目前负责前期处理的机器的性能不够,成为瓶颈,因此能发送到cas@home上的作业数量受到限制。目前正在想办法消除这一限制。
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[AF>Libristes] Dudumomo
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Message 742 - Posted: 9 Nov 2012, 5:53:00 UTC

Nice ! Finally some news !
I will add my resources on the project !

mibtok
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Message 744 - Posted: 9 Nov 2012, 16:48:45 UTC

我的也是,自从9月份自后就再也没有收到过任务了,很奇怪,近期都宅运行World Community Grid的任务,CAS@home的分数只有6分。。。。。希望能尽快解决,推动中科院的项目,推动中国的分布式计算,我的10台电脑全功率努力ing。。。。

mibtok
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Message 745 - Posted: 9 Nov 2012, 16:51:39 UTC - in response to Message 744.

对了,我看CAS的项目里面没有新的这个Tree Threader,只有Tsinghua Nano Tech Research和 ICT Protein Structure Prediction(2nd Generation)这两个项目,如何新加入这个项目啊?

Profile 小子威威
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Message 749 - Posted: 10 Nov 2012, 5:45:26 UTC - in response to Message 741.

确实对一些新机器,有这个问题。我们正在调整,请关注这两天是否下载到任务。
目前可用的计算任务很多。但是有一个系统的策略问题影响了某些机器下载任务。
谢谢!
至少一个月了,都下不到任务。。。



【目前可用的计算任务很多】,萝卜白菜各有所爱,虽说是做志愿,可以有选择的吧。盼望早解决问题。谢谢!所谓的新机器是指什么?


新加入项目的机器。这个问题似乎已经解决。正在观测中。还有一个限制是,ICT需要对作业的输入进行一些前期处理,目前负责前期处理的机器的性能不够,成为瓶颈,因此能发送到cas@home上的作业数量受到限制。目前正在想办法消除这一限制。


继续等待中.......!!!

wenjing wu
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Message 750 - Posted: 10 Nov 2012, 8:57:17 UTC - in response to Message 745.

ICT protein structure prediction 就是TreedThreader.

对了,我看CAS的项目里面没有新的这个Tree Threader,只有Tsinghua Nano Tech Research和 ICT Protein Structure Prediction(2nd Generation)这两个项目,如何新加入这个项目啊?


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Profile 小子威威
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Message 751 - Posted: 10 Nov 2012, 11:57:02 UTC

下午下到几个任务,问题:任务没有按照boinc manager设置的CPU使用程度,我对boinc设置的是最多使用45%的CPU时间,可是处理新任务时cpu占多变100%。还有就是运行时听到硬盘有咔嗒的撕裂声,然后听到硬盘马达重新启动的声音,但是没有死机。硬盘才换2年啊。

NATE1
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Message 752 - Posted: 10 Nov 2012, 13:09:03 UTC
Last modified: 10 Nov 2012, 13:10:02 UTC

""""There is the runtime hear the hard drive clicking tearing sound, and then hear the sound of hard disk motor restart, but no crashes. Hard disk only change two years.""""

sounds like your os is parking the harddrive heads, you may have to change the setting so that it will not shut down the harddrive after x number of minutes or extend the harddrive shutdown time, after x number of minutes of idle time.

AQY
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Message 753 - Posted: 11 Nov 2012, 1:24:44 UTC - in response to Message 716.

The deadline is, albeit my cpu is i7, too early to finish.

GUILLERMO
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Message 754 - Posted: 11 Nov 2012, 17:37:42 UTC - in response to Message 716.

Hello.

It is the first time I write here.
I'm sorry I don't know whom to write.

Every time I check the computer which runs BOINC I find that TreeThreader has hung-up. The computer still runs ok, but I think you are losing some work.
I hope you could fix that.

My best wishes!

Guillermo from Argentina

Profile 小子威威
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Message 757 - Posted: 12 Nov 2012, 1:30:32 UTC - in response to Message 751.

下午下到几个任务,问题:任务没有按照boinc manager设置的CPU使用程度,我对boinc设置的是最多使用45%的CPU时间,可是处理新任务时cpu占多变100%。还有就是运行时听到硬盘有咔嗒的撕裂声,然后听到硬盘马达重新启动的声音,但是没有死机。硬盘才换2年啊。


失控了,手动暂停运boinc运算,cas竟然不停,也不按照boinc设置的参数运行,100%cpu使用,电脑卡死了。看来你是不能在我这部AMD上工作了,可是为什么cas 没有Tree Threader时是正常的呢?

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